自2009年单细胞测序技术问世,2013年单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术以来,它越来越多被应用在科研领域。2015年随着10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现,彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究,相应成果也备受CNS青睐,文章如雨后春笋般频频发布在高分杂志中。2018年单细胞测序技术的研究成果涉及到肿瘤微环境、免疫,动植物胚胎发育,心血管疾病的发生发展机制等众多领域,单细胞检测新技术也是层出不穷。 单细胞测序之肿瘤微环境
马武松
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Nature及Nature Medicine两连发:北京大学张教授课题组重磅解析结直肠癌和肺癌免疫微环境
2018年6月、10月张教授课题组分别在《Nature Medicine》和《Nature》发布重大研究成果,在单细胞水平绘制肺癌和结直肠癌T细胞免疫图谱,揭示了肺癌和结直肠癌T细胞的亚
分类、组织分布特征、肿瘤内体异质性及药物靶基因表达情况,鉴定了跨组织分布的T细胞类及亚间潜在的状态转换关系,这对于肺癌和结直肠癌的诊断和具有重大意义。
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山西农业大学学报Cell:美国研究团队绘制目前规模最大免疫细胞图谱,探索乳腺癌免疫微环境
2018年8月23日,美国Sloan Kettering癌症中心团队,使用单细胞转录组测序,分析了人乳腺肿瘤以及配对的正常乳腺组织,外周血和淋巴结4个组织来源的共47016个免疫细胞的基因表达特征。揭示肿瘤内淋巴细胞和髓系细胞的异质性,与正常乳腺组织相比显著的表型扩增。这种异质性通过各种环境刺激反应引起的组合基因的表达,且TCR的特异性参与
中国男体了T细胞组合基因表达的形成。所观察到的T细胞状态的连续性变化颠覆了之前较少分化或激活离散状态形成的肿瘤微环境经典概念。
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Cell:以列研究团队使用单细胞转录组测序揭示黑素瘤肿瘤浸润T细胞的转录组异质性和分化途径
2018年12月,以列Ido Amit实验室李汉杰博士等通过对25名黑素瘤患者肿瘤中免疫细胞的单细胞转录组测序和单细胞TCR测序分析,绘制黑素瘤详尽的免疫细胞图谱。该研
究发现尽管不同免疫细胞亚型存在于大多数患者中,但是它们的相对丰度在不同患者中存在很大差异。此外,尽管丰度不同,所观察到的CD8T细胞的分化途径却是高度保守的。
单细胞测序之人脑“中央处理器”
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Nature:中国科学家王晓等人首次解析人脑“中央处理器”,领先美国脑计划
2018年3月,中国科学家团队在国际顶级期刊《Nature》发表重要研究成果,研究团队使用单细胞转录组测序分析了2300多个来源于8-26孕周、尚处于发育阶段的人类前额皮质细
胞。该研究明确了细胞构成、重构了这些神经细胞类型之间的发育谱系关系,比美国“脑计划中的细胞图谱部分”快了一步。这为解答前额叶皮层如何参与“思考和思想形成”这一关键问题的后续研究提供了高精度的细胞图谱,是前额叶皮层发育研究史上的重要突破和重大进展。
单细胞测序之细胞图谱
自2017年,“人类细胞图谱计划”开展以来,2018年进展神速,3月,Sanger研究所宣布,完成了25万个发育细胞测序。研究成果已经陆续Online,为我们后续使用单细胞测序开展研究提供了丰富的数据资源。
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Science:7万个肾组织单细胞测序数据,揭示肾癌细胞身份标签
2018年8月10日,英国剑桥大学韦尔科姆基金会桑格学院研究所在《Science》发表题为“Single-cell transcriptomes from human kidneys reveal the cellular identity of renal tumors”的文章,该研究通过分析72501个肾组织细胞的转录组数据特征,并结合了对应肾
癌组织的全基因组测序数据,鉴别了正常的肾细胞和癌变的肾细胞,精确地解释了人类肾癌各组分及对应的细胞特征。
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Nature:7万个单细胞测序数据,绘制了人类妊娠6-14周胎盘最详细细胞图谱
2018年11月15日,英国剑桥桑格研究所的研究人员在《Nature》上发表了题为“Single-cell reconstruction of theearly maternal–fetal interface in humans”的研究成果,该研究对妊娠早期(6-14周)胎盘的约7万个细胞进行单细胞转录组测序并绘制了胎盘细胞图谱,为理解人类妊娠早期胎盘的细胞组成和细胞通讯带来了新见解。此外,这项研究还探索了对妊娠成功至关重要的维持生理环境稳定的机制。
该研究发现了个别细胞亚的特化功能,并鉴定出了可能有助于使有害母体免疫反应最小化的调控互作。此外,该研究还鉴定出了蜕膜自然杀伤细胞(dNK,decidual natural killer)的三个主要亚。在初次妊娠期间,dNK1亚细胞与特定的胎盘细胞之间的互作可能使dNK1细胞能够更加有效地应答再次妊娠时的胎盘植入。这些发现为理解早期妊娠提供了重要信息,对提高妊娠相关疾病的诊疗具有一定意义。长春理工大学bbs
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Cell:1500个样品的单细胞测序数据,构建出人类免疫细胞图谱
2018年11月15日,美国拉霍亚免疫学研究所的研究人员在《Cell》发表了题为“Impact of G
enetic Polymorphisms on Human Immune Cell Gene Expression”的研究成果,并构建了DICE数据库(/)分享他们的数据,通过该数据库,全世界的科研学者可以探究这些数据,探究他们与基因、细胞类型或者疾病存在的关联。
单细胞测序之胚胎和组织器官发育
一个受精卵,如何从单细胞发育分化为不同的细胞类型,一个成熟的组织或者器官又是如何一步步发育而来,一直是个未解之谜。单细胞测序的出现为解开这些谜团提供了强有力的工具。