生物学工具箱

最权威的生物信息学网址链接：www.bioinformatics.vg/index.shtml
生物信息学网址链接：www.bioinformatics.ca/links_directory/
Nucleic Acid Research Database Issue: /content/vol32/suppl_2/

Esignal motif.stanford.edu/esignal/  评：信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳。
SignalP www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/  评：信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质
Emotif motif.stanford.edu/emotif-search/ 评：结构域预测工具，由于其用motif电子学

习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好。
Ematrix fold.stanford.edu/ematrix/  评：是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。其速度快，可快速搜索整个基因组。
InterPro www.ebi.ac.uk/InterProScan/  评：EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果
TRRD wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/  评：转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用。
Protscale /cgi-bin/protscale.pl 评：※可分析该序列的各种性状如活动度,亲水性(Kyte & Doolittle),抗原性（Hopp&Woods)等
　

 PROSITE：/tools/scanprosite/  是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息

 Pfam: www.sanger.ac.uk 可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法：在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号。

 CDD: NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻Domain信息，则可进入Blink链接，再进行CDD搜索，就可以了。看Domain的详细信息可以到：www.ebi.ac.uk/interpro/ 上进行搜索查看。

kyte-Doolittle疏水性分析：每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域。

PREDATOR: npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html 蛋白质二级结构预测工具。

bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html 这是个综合连接。包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE隧道隔音降噪施工，GlycoMod tool

MMDB: bi.v/Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI的蛋白质结构数据库，要使用Cn3D v4.1软件观看。
PDB: /pdb/ Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看。

PIR: town.edu/ 
Uniprot www./

RNA二级结构预测：bee.msu.su/services/rna2_reduced.html ，速度快，生成图像。
最好的RNA二级结构预测软件：mfold
UTR功能区预测：bighost.area.bar.it/BIG/UTRHome/ 
预测mRNA翻译能力的在线工具：wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm  其说明书在：wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kochetov/bioinf/
RegRNA:u.edu.tw/RegRNA2/website/ 
RFAM: www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/index.shtml
RNA world: www.imb-jena.de/RNA.html
RNA resource Links: 脉动测速u.edu.tw/RegRNA2/website/references/ 

EPD www.epd.isb-sib.ch/ 评：真核生物启动子，好用.

TRRD: Transcription Regulatory Regions Database 探针天线评：可搜索某一基因的调控区及相关转录因子。
TRANSFAC: gulation.de/ 评：可搜索所有转录因子的数据。好用。
启动子数据库：www.epi.isb-sib.ch
转录因子结合位点 www.ejbiotechnology.info/content/vol3/issue3/full/2/bip/ 

意大利CAP3软件：bio.ifom-firc.it/ASSEMBLY/assemble.html 强烈推荐使用，使用时只需将整个Unigene全部序列文件输入就可以了。

Multialin: ulouse.inra.fr/multalin/multalin.html 最好的多序列比对在线工具
FASTA: www.ebi.ac.uk/fasta/; fasta.bioch.virginia.edu/
BLAST: v/BLAST

MEME: meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html 可以发现几个序列所共有的motif以及根据已知的motif搜索est数据库以发现新的基因。此软件输出结果不好读懂。

BLOCK Maker: / in which Block maker is Very Good
            bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/blockmkr/www/make_blocks.html 
可通过蛋白多序列比对寻其中的保守区域，非常好用，易学。

UTRscan bighost.area.bar.it/BIG/UTRScan/，www.ba.itbr.it/BIG/UTRScan/ 需要先注册email.

led灯控制器三、表达数据库

Unigene: bi.v/unigene 评：不用说了，老牌的EST聚类程序，数据库质量很好，但毛病也不少。不过我常用它。

TIGR：/tdb/tgi/ 评：按独一无二的剪接体对EST进行聚类，并从中得出独一无二的共有的序列，每个Cluster的EST都有图形排列显示。
Allgenes: /index.html 评：其EST聚类要求比较严格，但每个Cluster都有一个质量极高的mRNA序列，可轻松定位到基因组上。
MIPS: mips.gsf.de/proj/human/ 评：MIPS眼模的EST聚类数据库。其中有个工具特别好，就是在BLAST服务中有个可以得到与BLAST基因相近EST的组织分布的程序。

前列腺表达数据库：/
膀胱癌EST数据库：w/index.htm

全身正常组织microarray数据（U133A,U133B）: d.org/ 较全的全身正常组织microarray数据库，推荐,要搜索表达数据需在search中数据探针名称（U133A,B），注意必须安装Adobe SVG Viewer。得到的数据需要用photoshop颠倒过来

才能观看。
斯坦福大学生物芯片数据库：genome-www5.stanford.edu/ 最好的生物芯片数据库，不仅数据源丰富，而且数据搜索软件功能齐全。但要学会也需要点时间。
CleanEX: 表面热电阻www.cleanex.isb-sib.ch/ 评：用于分析比较来源于不同技术平台的表达数据
EBI array database: www.ebi.ac.uk/arrayexpress 评：欧洲生物信息学会主办的基因芯片数据库
RAD： www.cbil.upenn.edu/RAD/php/index.php 评：功能与CleanEX近似，推荐使用！
Gene Expression Db:v 提供60多个肿瘤细胞系的基因芯片数据
NIAID: madb.v/
ONCOMINE: 141.214.6.50/oncomine/main/index.jsp AWR1Uko AND MY EMAIL 非常好的肿瘤microarray数据库
GENEHOPPER: genehopper.lumc.nl/db/ 利用accession num将microarray数据与Genebank进行连接的软件。