miRNA mimics(模拟物)
1、单链的RNA也是可以转染细胞的,比如我们用的inhibitor就是单链的RNA;罗恩老师的奇迹教育2、还有mimics是双链的RNA,同什么DNA、分子克隆、转基因技术完全无关!3、miRNA mimics进入细胞后直接进入miRISC发挥作用,不存在什么转录成发夹结构的RNA。人员定位系统
合成miRNA mimics用双链的原因是:双链RNA有利于增加稳定性,利于保存和实验;其次双链的mimics有利于进入细胞后结合细胞中的相关酶和蛋白,形成miRISC。 miRNA mimics的序列并不存在设计的问题,mimics是模拟成熟体miRNA,其碱基序列与成熟体是一样的,而这个序列在miRbase上都可以很容易的查到。我们翻译成,模拟物的原因,是这个是双链,体内成熟体miRNA是单链,另外,其他结构上也有所不同,mimics在合成的时候,会有个悬垂,应该是你讲的多的那2个BP的东西,但这个不会影响mimics的功能。inhibitor就是合成的对应的成熟体miRNA的反向序列。 以hsa-miR-145为例设计引物,其成熟体序列为:GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCU
一 设计引物
1 反转录之后扩增所需引物设计
反向引物(反转之后跑PCR所需的引物):每个反向引物的都带有一段固定的序列,可以形成一个茎环,
固定的序列为:5,-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3,
在这个序列后加上八个碱基,这八个碱基是hsa-miR-145从后面数八个碱基的反向互补序列,就是GAAUCCCU的反向互补:AGGGATTC,最后得到的反向引物的序列为
5,-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG AGGGATTC -3,
2定量引物设计
正向引物:每个正向引物也带有一段固定的序列,固定的序列为:ACACTCCAGCTGGG
在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列,成熟体除掉后面六个碱基后序列为:GUCCAGUUUUCCCAGGA,把U变成T即可,最后的序列为:
第二条线索5,-ACACTCCAGCTGGGGTCCAGTTTTCCCAGGA -3,
URP(unified reverse primer):统一反向引物,也是一段固定的序列,TGGTGTCGTGGAGTCG
U6引物 日内瓦会议
冯顺桥上游引物CTCGCTTCGGCAGCACA 下游引物AACGCTTCACGAATTTGCGT
二 使用方法:
1反转录之后跑PCR的引物:所有要做的miRNA反向引物的混合,每个10微升
2 RT-PCR的引物:50微升的体系,30微升的水,10微升的正向引物,10微升的URP(内参50微升的体系,30微升的水,10微升U6的正向引物,10微升U6的下游引物)