设计RT-PCR引物方法

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设计RT-PCR引物方法
3.0文明要鉴定某一个基因在mRNA水平上的表达,需要使用Q-PCR的方法。引物设计是很重要的一环,要进行Q-PCR时,获得引物的途径有很多种,其中最为方便的是使用NCBI和primer bank,首先介绍这一方法:比如你要检测某药物对小鼠细胞中IL-2的表达影响,通过Q-PCR检测,要设计引物。
①登陆NCBI,选择gene,在选框中输入IL-2 mus(搜索小鼠IL-2基因)
橙剂点击搜索
获得结果如下:
选择第一个基因,打开,可以获得gene的ID
利用primer bank和ncbi的gene ID就可以获得前人已经设计好的引物
②登陆primer bank (h.harvard.edu/primerbank/),按下图选
ati9600择NCBI gene ID 选择物种mouse ,在for text中输入前面获得的你要检测基因的ID(NCBI的编号)
点击submit 查询,获得如下结果
可以看到其它人设计的好几对引物,基本上是通过实验验证的,做Q-PCR 的话直接拿来用就行了,点击绿高亮的链接可以看到其他人使用这对引物做Q-PCR获得的结果。
虚拟地震台网
二、自己设计Q-PCR引物方法
比如要检测CXCR3的表达,做Q-PCR的扩增目的条带在100bp左右,如果半定量的话(通过跑胶定量)扩增产物一般400bp左右
①登陆NCBI,选择gene,在选框中输入CXCR3 mus(搜索小鼠CXCR3胸片数据库
基因)点击搜索
悟本堂
点击打开
将网页往下拖到NCBI reference sequence 选择箭头所示mRNA序列
打开链接
往网页下方拖动,可以看到CDS,点击CDS(编码蛋白区)

本文发布于:2023-08-15 11:29:13,感谢您对本站的认可!

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