唯誉智合:如何使用Oligo对设计的引物进行评价

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唯誉智合:如何使⽤Oligo对设计的引物进⾏评价
在专门的引物设计软件中,“Oligo”是最著名的。Oligo功能很强⼤,它的使⽤并不⼗分复杂,我们可以⽤Oligo对设计的引物进⾏评价,下⾯介绍⼀下使⽤⽅法:操作步骤
安装oligo
打开oligo软件
打开要设计引物的序列
灯影组
出现三个窗⼝,分别是△G、Tm和Frq
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点击upper
点击下⾯的最右边按钮输⼊上游引物起始位置
点击OK,再点击upper,注意不要拖动拉条点击change,填⼊引物长度,同样不要拖动窗⼝,点击upper
针对lower进⾏同样操作。点击选择引物
给出了Tm值、△G值和3’端的△G值,其中3’端的△G值的绝对值不能⼤于9,⾼于9会形成双链结构。
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点击⼆聚体情况,可以选择上下游引物⾃⾝间及两者间的聚合情况,避免形成⼆聚体,结合碱基不要超过3个,△G的绝对值不要⼤于4.5kcal/mol
可见是合格的
分析第三项发卡结构,同样结合碱基不要超过3个,△G的绝对值不要⼤于4.5kcal/mol
也是合格的
分析Tm值
GC含量要在40-60%间,第三个Tm值要在50-70℃
288uu分析错配位点
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正确位点引发效率最好在400以上,错配位点最好要低于100。 Positive strand(红⾊的)就是错配位点,negative strand(蓝⾊的)就是正确位点。
分析pcr
给出了退⽕温度的范围,假如没有不良的评价,则可以⽤
强度理论
可以打印评价的结果
好了,以上就是使⽤Oligo对设计的引物进⾏评价的操作,希望对你有所帮助。如果操作有什么问题欢迎评论区留⾔讨论。

本文发布于:2023-08-15 11:28:34,感谢您对本站的认可!

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