愈慢愈美丽
中药制药如何对SNP设计引物：CAPS,dCAPS 最近⼀直在帮师根据SNP基因组上的酶切多态位点，然后给她提供该位点附近1kb的序列，让她去设计引物。由于我本科就做过⼀点点的遗传定位，当时⽤的是SSCP(单分⼦构象多态性)去区分单个碱基差异，所以我对SNP分⼦⽐较的检测⽅法就局限在⾼通量测序和SSCP⽽已。然后今天猛然听师兄说他要⽤dCAPS来根据SNP位点对体进⾏基因型鉴定，我才开始去相关的概念，去/造轮⼦⽤。行政三分制
CAPS: Cleaved Amplified Polymorphic Sequences
DNA序列上⼏个碱基的差异会影响限制性内切酶的有⽆。最开始⽤RFLP来鉴定这种酶切多态性位点，但是需要设计放射性的探针，有点风险。后来有了PCR技术，就可以设计⽬标位置附近的引物进⾏扩增，然后使⽤特定的限制性内切酶进⾏酶切，之后通过电泳跑胶根据条带的长度来判断基因型。
来源NCBI
安全网关dCAPS: Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequences
肉蒲之极乐宝鉴质粒dCAPS听名字就知道和CAPS有很⼤的关系, 它使⽤存在⼏个碱基错配的PCR引物对⽬标区间进⾏扩增，从⽽引⼊酶切位点或者破坏酶切位点，之后根据条带长度来鉴定基因型。
