竞争性同源基因引物设计KASP

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竞争性同源基因引物设计KASP
1.引物设计提交序列时的注意事项有哪些?
我们要求所提交的序列长度至少为目标位点上下游各50bp。请注意序列来源,尽量保证序列准确,多态性位点BLAST结果证明为单拷贝也就是要特异。标注出不确定的序列及引物设计时需要跳过的碱基和序列,目标位点周围其他多态性位点(最多可以有2个)用IUPAC码标注。
2.PCR反应体系是怎样的?
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96孔板,10μL体系,其中5μLDNA,5μLmix,0.14μL引物。
384孔板,5μL体系,其中2.5μLDNA,2.5μLmix,0.07μL引物。
384ArrayTape,1.6μL体系,其中0.8μLDNA,0.8μLmix,0.022μL引物。
1536孔板,1ul体系,其中1.5μLDNA(烘干),1μLmix,0.014μL引物。
3.KASP技术对DNA有什么要求?瘘口
建议最小的DNA浓度为2.5ng每μL。根据基因组大小,所需的DNA的量为:待测样品基因组每3000Mb5ng。建议设置DNA浓度梯度实验,来确定最合适的DNA浓度。KASP对DNA纯度的要求不高,一般粗提的DNA即可满足,但请尽量保证DNA浓度的一致性,提取及溶解过程中尽量不要用到EDTA,因为EDTA会阻止KASP酶的作用。如有EDTA,建议将DNA稀释一下,做一下浓度梯度实验或加MgCl2优化。
批批吉4.多个引物可以同时跑在同一块板子上吗?
可以,但KASP技术要求每个引物至少跑22个样品加两个NTC,否则可能影响分判读,造成较大的误差。
5.NTC信号值很高,怎么办?
钠长石
NTC跑很高可能有三个原因,一是NTC被DNA样品污染,二是循环数太多,引物自身扩增。建议多加几个NTC,注意污染问题,再看看。三是,引物设计问题,扩增产物中有引物二聚体存在,建议重新设计引物。
刘茂才杜润生逝世

本文发布于:2023-08-15 11:22:20,感谢您对本站的认可!

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