1、产物扩增长度建议:80-150bp
2、引物长度:17bp---25bp
3、 3’端尽量避免⾼GC或者AT含量⾼区域
4、 3’端最后⼀个碱基最好为G或者C,避免使⽤T
5、两个引物Tm最好相差不要超过1°C,Tm值在60°C—65°C为佳(使⽤Primer 5 设计)
6、引物GC含量控制在40%---60%之间
7、引物特异性检测(NCBI)
注:通常设计qPCR引物时会将引物设计在跨两个外显⼦,⽬的减少遗留DNA造成误差,但是有时候这样设计的引物不能满⾜以上条件,所以强烈建议提取RNA时使⽤gDNA酶处理,这样完全可以不考虑跨外显⼦。
举例:⼤⿏的MyD88序列ATGTCTGCGGGAGGCCCCCGCGTGGGATCCGTGTCCGTGGACTCCTAC
TTGTTCTCTCTA CCGTTGGTCGCGCTCAACGTGGGAGTGAGGCGCCGCCTCTCGCTGTTCTTGAACCCGCGG ACAACCGCGGCGGCCGACTGGACCTCGCTGGCGGAGGAGATGGGTTTCGAGTACTTGGAG ATCCGCGAGTTTGAGACGCGCCCCGATCCCACTCGCAGTTTGTTGGATGCCTGGCAGGGG CGCTCTGGCTCGTCGGTCGGCAGGCTGCTAGAGTTGCTAGCCTTGTTAGACCGTGAGGAT ATACTGTATGAACTGAAGGACCGCATCGAGGAGGACTGCCAGAAATACATACGCAACCAG CAGAAACAGGAGTCTGAGAAGCCCTTGCAGGTGGCCAGAGTGGAGAGCAGTGTCCCACAG ACAAAGGAACTGGGAGGCATCACCACCCTCGATGACCCCCTGGGGCAAACGCCGGAGCTT TTCGACGCCTTCATCTGCTACTGCCCCAGTGATATTGAGTTTGTGCAGGAGATGATCCGG CAACTAGAACAGACAGACTATCGGCTTAAATTGTGTGTGTCCGACCGCGATGTCCTGCCT GGCACCTGCGTGTGGTCCATCGCCAGCGAGCTCATTGAGAAAAGGTGTCGTCGCATGGTG GTGGTTGTTTCTGACGATTACCTGCAAAGTAAGGAATGTGACTTCCAGACCAAGTTTGCT CTCAGCCTGTCTCCAGGTGTCCAACAGAAGCGACTGATCCCTATCAAGTACAAAGCAATG AAGAAGGACTTTCCTAGTATCCTACGGTTCATCACTATCTGCGACTATACCAACCCTTGC ACCAAGTCCTGGTTCTGGACCCGTCTTGCCAAGGCTCTGTCCCTGCCCTGA
在prime.5⾥⾯点击search之后,修改参数,主要调节Tm和GC就⾏了
针刺事件
之后,选取打分较⾼的引物,如前五个:5‘---3’
1F:GTCGCATGGTGGTGGTTGTT 1R: TGATAGGGATCAGTCGCTTCTGT
网络狂飙2F:AAAGGTGTCGTCGCATGGTG 2R: GTGGTACGCTGCTGTGGAAA
3F:TCGTCGCATGGTGGTGGTT 3R:TGATAGGGATCAGTCGCTTCTGT
安塞县高级中学
4F:TCGGCAGGCTGCTAGAGTTG 4R:GTTTCTGCTGGTTGCGTATGTATTT
5F: AGGACTGCCAGAAATACATACGC 5R:CCTTTGTCTGTGGGACACTGCTC
按照以上7条总结:
为了不使3‘为T,所以使⽤2号和5号引物
最后检查引物特异性,通过NCBI 进⾏blast⽐对即可,⽬的是引物这个基因特有的。
⽐如2号引物检查在⼤⿏基因库⾥⾯只有88号基因有这⼀段序列(引物),所以完全满⾜qPCR引物设计条件。
惰政
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2F:AAAGGTGTCGTCGCATGGTG 2R: GTGGTACGCTGCTGTGGAAA