Lv Peng
2015.11.18
CONTENT
1.PCR-引物设计目的
2.引物设计原则
3.设计引物软件
4.在线设计工具
5.probeBase 简介
1.1PCR（Polymerase Chain Reaction）
聚合酶链式反应
1971 Khorana 提出设想
1985
Kary Mullis
发明了PCR
1986年5月
Mullis在冷
做专题报告
冷泉港实验室（The Cold Spring Harbor Laboratory，缩写CSHL），又译为科尔德斯普林实验室。
几不同的PCR技术
1.扩增已知序列两侧DNA的PCR：反向PCR（Inverse PCR，IPCR）、锚定PCR（anchored PCR） 、RACE（Rapid Amplification of cDNA Ends）、连接介导的PCR（ligation-mediated PCR，LM-PCR）；
2.检测有限量稀有靶序列，即一对引物扩增产物不足以以通过凝胶电泳观察到的时：巢式PCR（nested PCR）；
3.快速、灵敏、特异而准确定量的PCR：实时荧光定量PCR （real-time quantitative PCR，RQ-PCR）。
特性
优化
碱基组成
（G+C ）含量应在40%-60%，4种碱基要分布均匀；长度
一般为18-27个核苷酸长度。上下游引物长度差别不能大于3bp ；重复和自身互补序列
不能有大于3bp 的反向重复序列或自身互补序列存在；上下游引物互补性一个引物的3’末端序列不能结合到另一个引物的任何位点上；解链温度（Tm ）
两个引物的Tm 值相差不能大于5℃，扩增产物与引物的Tm 值相差不能大于10℃3’末端
引物3’末端碱基尽量为G 或C ，不能使3’末端有NNGC 或NNCG 序列引物序列不要有局部的GC rich 或AT rich （特别是3’端），避开T/C 或A/G 的连续结构1.2引物设计原则
引物特性及优化设计
