⼩编在上⼏期讲解⽹络药理学研究思路（⼀篇⼆区⾼分SCI带你了解⽹络药理学的研究思路）时介绍过⼀两个有⽤的⼯具，所以⼩编将在本期重点介绍药理学研究⽤到的各种数据库和⼯具，包括中药数据库、药物靶标数据库等，所介绍的数据库和⼯具全部是公开、免费的。 中药数据库
1、TCMSP——中药系统药理学数据库与分析平台
TCMSP是独特的中草药系统药理平台，在这⾥我们可以得到药物、靶标和疾病之间的关系。该数据库平台提供的信息包括活性成分的鉴定、化合物和药物⽬标⽹络，以及相关药物靶标疾病的⽹络等等。TCMSP包括中国药典中的499种中药，共29384种成分，3311种靶点，837种相关疾病。药物靶点来⾃HIT数据库和预测算法SysDT，疾病信息来⾃TTD数据库和PharmGKB。这个数据库提供化合物的药代动⼒学信息，如药物相似性（DL）、⼝服⽣物利⽤度（OB）、⼈体肠吸收（HIA）、⾎脑屏障（BBB）、肠上⽪通透性（Caco-2）、ALogP、FASA-和H-键供体/受体数量（Hdon/Hacc）。因此，使⽤者可以选择具有良好药物相似性和ADME（吸收、分布、代谢、排泄）特性的化合物，进⾏进⼀步的研究。 ⽂献来源：Jinlong Ru; Peng Li; Jinan Wang; Wei Zhou; Bohui Li; Chao Huang; Pidong Li; Zihu Guo; Weiyang Tao; Yinfeng ⽂献来源
Yang; Xue Xu; Yan Li; Yonghua Wang; Ling Yang. TCMSP: a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines.J Cheminformatics. 2014 Apr 16;6(1):13.
2、TCMID
TCMID提供有关中药复⽅、草药和草药化合物的信息，以及疾病和西药信息。这个数据库是通过集成
以前的数据库和⽂本挖掘⽽构建的。其中，中药复⽅是通过⽂本挖掘收集的；中药是从TCM-ID数据库和⽂本挖掘获取的；中药成分是通过⽂本挖掘并结合其他中药数据库（包括TCM@Taiwan、TCM-ID和HIT）获得；疾病及其相关基因来⾃DrugBank和OMIM。
：Xue R, Fang Z, Zhang M, Yi Z, Wen C, Shi T. TCMID: Traditional Chinese Medicine integrative database for
⽂献来源
⽂献来源：
herb molecular mechanism analysis. Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D1089-95. doi: 10.1093/nar/gks1100. Epub 2012 Nov 29.
3、TCM database@Taiwan
这个数据库是⽬前可供下载的最全⾯和最⼤的⾮商业性中医药数据库，提供的所有分⼦⽂件格式都可⽅便⽤于分⼦对接和分⼦动⼒学模拟。⽬前该数据库包含了来⾃352种不同草药、动物产品和矿物质的成分，这352种中药成分⾥⾯有37170种中药化合物。⽤户可根据化学名称、中药名称、分⼦性质和分⼦结构等不同标准进⾏检索。
4、CancerHSP——系统药理学抗癌草药数据库
CancerHSP包含2439种抗癌中草药，当中有3575种抗癌成分。这个数据库⾥⾯提供每种成分的分⼦结构以及9个重要的ADME参数信息，⽽且也提供了基于492种不同肿瘤细胞系的化合物抗癌活性。这⾥的832个化合物的靶标是⽤先进⼿段来预测或者从⽂献中收集的。所以CancerHSP数据库有助挖掘抗癌的天然产物的分⼦机制，也有助于抗癌药物的开发。
⽂献来源：Tao W, Li B, Gao S, Bai Y, Shar PA, Zhang W, Guo Z, Sun K, Fu Y, Huang C, Zheng C, M
u J, Pei T, Wang Y, Li Y, Wang Y. CancerHSP: anticancer herbs database of systems pharmacology. Sci Rep. 2015 Jun 15;5:11481. doi:
10.1038/srep11481.
5、NPACT
NPACT的全称是Naturally Occurring Plant-based Anti-Cancerous Compound-Activity-Target，它是⼀个⼈⼯注释的植物衍⽣化合物数据库，收集了从762篇论⽂中的具有抗癌活性的植物化合物。共含有对353个癌细胞系、284个癌症相关蛋⽩靶点具有作⽤的1574个化合物，以及1980个经实验验证的化合物-靶标相互作⽤。对于每种化合物，它提供了它的结构、性质、针对的癌症类型、细胞系、抑制值（IC50、ED50、EC50、GI50）、分⼦靶标、商业供应商、以及化合物的药物相似性的信息。
⽂献来源：Mangal M, Sagar P, Singh H, Raghava GP, Agarwal SM. NPACT: Naturally Occurring Plant-based Anti-cancer Compound-Activity-Target database. Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D1124-9. doi: 10.1093/nar/gks1047. Epub 2012 Nov 29.
6、Natural ProductActivity and Species Source / NPASS
NPASS提供了天然产物的物种来源和⽣物活性⽅⾯的详细信息。该数据库收录了35032种不同的天然产物（即化合物），它们来⾃25041个物种—其中植物16581种、细菌1675种、后⽣动物2503种、真菌2107种。数据库收录了这些化合物的靶标共5863个，其中2946个是蛋⽩靶标。它还包括其他种类的靶标，如有机体和细胞系。
⽂献来源：Zeng X, Zhang P, He W, Qin C, Chen S, Tao L, Wang Y, Tan Y, Gao D, Wang B, Chen Z, Chen W, Jiang YY, Chen YZ. NPASS: natural product activity and species source database for natural product research, discovery and tool development. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D1217-D1222. doi: 10.1093/nar/gkx1026.
7、TCM-Mesh
TCM-Mesh数据库包含6200多种草药、38万以上化合物、14000以上个基因、6200多种疾病、14万以上基因与疾病的相互作⽤关系信息、344万对基因互作信息、16万以上副反应记录和71个毒性记录，有助在分⼦层⾯上了解中药的分⼦机制
⽂献来源：Zhang RZ, Yu SJ, Bai H, Ning K. TCM-Mesh: The database and analytical system for network pharmacology analysis for TCM preparations. Sci Rep. 2017 Jun 6;7(1):2821. doi: 10.1038/s41598-017-03039-7.
8、CHMIS-C
CHMIS-C，全称是A comprehensive herbal medicine information system for cancer，该数据库包含多余200种抗肿瘤草药配⽅、900种成分、8500个从草药⾥提取的有机⼩分⼦。⽽且基于web的搜索⼯具也集成到信息系统中，有助于更⾼效的数据挖掘。
⽂献来源：Fang X, Shao L, Zhang H, Wang S. CHMIS-C: a comprehensive herbal medicine information system for cancer. J Med Chem. 2005 Mar 10;48(5):1481-8. doi: 10.1021/jm049838d.
药物靶标数据库
1、TTD——Therapeutic Target Database
