丁祥青，毕远洋，陈佳婷，等．抱茎金花茶（Ｃａｍｅｌｌｉａｔｉｅｎｉｉ）的叶绿体基因组特征分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２２，５０（２３）：３３－４０． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２２．２３．００５
抱茎金花茶（Ｃａｍｅｌｌｉａｔｉｅｎｉｉ）的叶绿体基因组特征分析
丁祥青１，毕远洋１，陈佳婷１，向 双２，练芳松３，李文芳３，吴丽君４，邹双全２
（１．福建农林大学园林学院，福建福州３５０００２；２．福建农林大学林学院，福建福州３５０００２；３．福建省洋口国有林场，福建南平３５３００１；４．福建省林业科学研究院，福建福州３５００１２）
摘要：为明确抱茎金花茶（Ｃａｍｅｌｌｉａｔｉｅｎｉｉ）的叶绿体全基因组序列，本研究对抱茎金花茶的叶片高通量重测序数据进行叶绿体全基因组的组装和注释分析。抱茎金花茶叶绿体全基因组长为１ ５６５９１ｂｐ，是典型的四分体结构，大单拷贝区（ＬＳＣ）为８６１７２ｂｐ、小单拷贝区（ＳＳＣ）为１８２７５ｂｐ、反向重复区（ＩＲｓ）为２６０７２ｂｐ，序列已登录ＧｅｎＢａｎｋ（ＯＬ４３５５６８）。抱茎金花茶叶绿体基因组共预测注释１３４个基因，包括８８个蛋白编码基因、３８
个ｔＲＮＡ基因、８个ｒＲＮＡ基因。叶绿体全基因组比较分析表明，抱茎金花茶结构与基因排序均保守，ｒｐｓ１６、ｙｃｆ３、ｙｃｆ４－ｃｅｍＡ、ｙｃｆ１５－ｔｒｎＬ－ＣＡＡ和ｒｒｎ５－ｔｒｎＲ－ＡＣＧ序列可作为开发金花茶植物ＤＮＡ条形码研究热点。抱茎金花茶ｃｐＤＮＡ中共有６７个ＳＳＲ位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、六核苷酸重复数分别为４８、４、１、１１、２个。系统发育分析表明，抱茎金花茶在金花茶组中形成基部分支，和金花茶、显脉金花茶等互为妹类，具有较近的亲缘关系。 关键词：抱茎金花茶；叶绿体基因组；亲缘关系；文库构建；序列比对；系统发育树 矿泉水瓶盖 中图分类号：Ｓ６８５．１４０．１ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２２）２３－００３３－０７
收稿日期：２０２２－０１－０５
基金项目：福建省林业科技项目（编号：２０２１ＦＫＪ２４）；福建省科技创新领军人才专项（编号：
１１８／ＫＲＣ１６００６Ａ）。作者简介：丁祥青（１９９７—），男，江西九江人，硕士研究生，主要从事园林植物与应用研究。Ｅ－ｍａｉｌ：３０３５９６８１４＠ｑｑ．ｃｏｍ。
通信作者：邹双全，研究员，研究方向为森林培育和药用观赏植物栽培。Ｅ－ｍａｉｌ：ｚｏｕ＠ｆａｆｕ．ｅｄｕ．ｃｎ。
金花茶隶属于山茶科（Ｔｈｅａｃｅａｅ）山茶属（
Ｃａｍｅｌｌｉａ）金花茶组（ｓｅｃｔ．ＣｈｒｙｓａｎｔｈａＣｈａｎｇ）植物，是山茶花中唯一的珍稀金黄花瓣类型［１］。花开
时呈杯、壶或碗状，花瓣呈亮丽的金黄，十分夺目，花瓣蜡质似半透明，晶莹且油润，观赏价值极高，被誉为“植物界大熊猫”“幻想中的黄山茶”，
被列为我国一级或二级保护植物［２］
。同时，金花茶
的叶、花等器官中含有多种活性成分，如多酚、多糖、黄酮类、皂苷、氨基酸等，在食品或中药中发挥重要作用。金花茶植物主要分布在我国南部亚热带季风气候区和越南北部热带季风区，属分布极为狭窄的植物种，其狭窄栖息地的气候差异大，导致金花茶的花、叶形态变异丰富，迄今为止已发掘
金花茶植物４２种５变种［３］。抱茎金花茶也称越南
黄抱茎金花茶，是一种重要的金花茶植物，因其叶子和茎相抱而得名，其造型独特，花型优美，近年来在园林和园艺界颇受关注。
叶绿体基因组起源于古老的诱捕事件，原始的真核生物捕获并吞噬了古蓝藻成为内共生体，在漫长的进化过程中，蓝藻基因组由于大量基因转移到真核生物核基因组中导致其在遗传上依赖于真核生物而成为一质体基因组，真核生物也因此从异养转变为自养。植物叶绿体基因组（ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔＤＮＡ，简称ｃｐＤＮＡ）因进化极为保守通常为典型的环状双
链四分体结构［
４－６］
，具有１个大单拷贝区（ｌａｒｇｅｓｉｎｇｌｅｃｏｐｙ，简称ＬＳＣ）、１个小单拷贝区（ｓｍａｌｌｓｉｎｇｌｅｃｏｐｙ，简称ＳＳＣ）和１对反向重复区（ｉｎｖｅｒｔｅｄｒｅｐｅａｔ，简称Ｉ
Ｒ）。被子植物叶绿体基因组通常基因结构、基因顺序和含量高度保守，加上结构简单、分子量小，具有易解析、极少发生重组和变异、母系遗传、进化路线独立等特点，在物种鉴定和亲缘关系研究
等方面具有独特应用价值和发展前景［７－８］
。
前人对金花茶组植物的分类大都基于表型或者简单的分子标记，表型分类易受环境影响，片段序列分子标记不能完全反映ＤＮＡ相应部位的碱基变异。此外，这些分析所涉及物种不够全面，使得金花茶植物鉴定困难、亲缘关系紊乱，给黄山茶花种质创新带来巨大困难。现今山茶属系统发育
关系尚存争议，虽然此前有２项重要研究［９－１０］揭示
了部分山茶属植物的叶绿体基因组，为山茶属系统发育关系研究提供了证据，但山茶属系统发育的重
建仍缺乏大量信息［１１］。本研究首次利用Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序数据对抱茎金花茶叶绿体全基因组进行了表征，抱茎金花茶叶绿体基因组序列的揭示将为山茶属系统发育、金花茶植物分子鉴定等研究提供大量信息位点。
１ 材料与方法
１．１ 文库构建和测序
本研究试验材料２０２０年采集于福建省洋口国有林场（１１７°４８′５４．１８″Ｅ，２６°４７′３０．１６″Ｎ）。采用改良的十六烷基三甲溴化铵法（ｃｅｔｙｌｒｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｏｎｉｕｍ
ｂｒｏｍｉｄｅ，简称ＣＴＡＢ）从抱茎金花茶嫩叶中提取ＤＮＡ，用琼脂糖凝胶电泳和分光光度计检测ＤＮＡ的浓度和质量，将高质量的ＤＮＡ使用Ｃｏｖａｒｉｓ仪超声波打断，通过末端修复、ＤＮＡ片段３′加Ａ、连接接头处理后，选取２７０ｂｐ的ＤＮＡ片段进行ＰＣＲ扩增，对扩增产物进行引物二聚体去除后，用于构建文库。最后将质量检测合格的文库在Ｉｌｌｕｍｉｎａ平台进行测序。１．２ 序列拼接及注释
ＳＯＡＰｎｕｋｅ１．６．５（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ＢＧＩ－ｆｌｅｘｌａｂ／ＳＯＡＰｎｕｋｅ）用于过滤原始数据中的低质量序列，过滤参数为－ｎ０．０５－ｌ２０－ｑ０．４－ｉ－Ｑ２－Ｇ－Ｍ２－Ａ０．５－ｄ。本研究共获得了１９．０３Ｇｂｃｌｅａｎｄａｔａ。用ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ软件［１２］对ｃｌｅａｎｄａｔａ进行自动化组装。组装完成后用Ｂａｎｄａｇｅ软件可视化，去除多余ｃｏｎｔｉｇ并编辑成环状，环状序列即为抱茎金花茶叶绿体全基因组序列。以凹脉金花茶（Ｃａｍｅｌｌｉａｉｍｐｒｅｓｓｉｎｅｒｖｉｓ）（ＮＣ０２２４６１）的全叶绿体基因组为参考，用ＰｌａｓｔｉｄＧｅｎｏｍｅＡｎｎｏｔａｔｏｒ软件［１３］对抱茎金花茶叶绿体全基因组序列进行预测基因注释。用Ｇｅｎｅｉｏｕｓ软件可视化注释结果并人工检查编码基因的起始密码子和终止密码子，得到抱茎金花茶全叶绿体基因组的最终注释结果ＧｅｎＢａｎｋ文件。组装注释好的抱茎金花茶叶绿体全基因组ｆａｓｔａ文件和ＧｅｎＢａｎｋ文件提交至ＮＣＢＩＧｅｎＢａｎｋ数据库（访问号为ＯＬ４３５５６８），用ＯｒｇａｎｅｌｌａｒＧｅｎｏｍｅＤＲＡＷ（ＯＧＤＲＡＷ）软件可视化抱茎金花茶叶绿体全基因组。
１．３ 金花茶植物叶绿体基因组比较分析
从ＮＣＢＩＧｅｎＢａｎｋ数据库下载山茶（Ｃａｍｅｌｌｉａｊａｐｏｎｉｃａ）等５个山茶属植物的叶绿体基因组数据，用在线网站ＩＲｓｃｏｐｅ（ｈｔｔｐｓ：／／ｉｒｓｃｏｐｅ．ｓｈｉｎｙａｐｐｓ．ｉｏ／ｉｒａｐｐ／）进行ＩＲ边界可视化分析。从ＮＣＢＩＧｅｎＢａｎｋ数据库下载贵州金花茶（Ｃａｍｅｌｌｉａｈｕａｎａ）等９个金花茶植物的叶绿体基因组数据（其中显脉金花茶Ｃａｍｅｌｌｉａｅｕｐｈｌｅｂｉａ叶绿体基因组数据为笔者所在课题组测序组装注释并上传），用在线网站ｍＶＩＳＴＡ（ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｌｂｌ．ｇｏｖ／ｖｉｓｔａ／ｍｖｉｓｔａ／ｓｕｂｍｉｔ．ｓｈｔｍｌ）进行叶绿体基因组比对可视化分析。使用本地ｍａｆｆｔ进行基因序列比对。
１．４ 重复序列及ＳＳＲ鉴定
用在线软件ＲＥＰｕｔｅｒ鉴定抱茎金花茶ｃｐＤＮＡ中的重复序列，包括正向重复（Ｆ）、反向重复（Ｒ）、互补重复（Ｃ）和回文重复（Ｐ），最小重复设置为３０ｂｐ，最小重复序列长度距离设置为３。用在线网站ＭＩＳＡ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｅｂｂｌａｓｔ．ｉｐｋ－ｇａｔｅｒｓｌｅｂｅｎ．ｄｅ／ｍｉｓａ／）进行简单重复序列（ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔ，简称ＳＳＲ）识别，将单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸的最小重复数分别设置为８、５、４、３、３、３，２个ＳＳＲ之间的最小距离设置为１００ｂｐ。
１．５ 系统发育树构建
从ＮＣＢＩＧｅｎＢａｎｋ数据库下载大头茶（Ｐｏｌｙｓｐｏｒａａｘｉｌｌａｒｉｓ）、长果大头茶（Ｐｏｌｙｓｐｏｒａｌｏｎｇｉｃａｒｐａ）和１８个金花茶植物的叶绿体基因组序列。用本地ＭＡＦＦＴ进行多序列比对，以大头茶（Ｐｏｌｙｓｐｏｒａａｘｉｌｌａｒｉｓ）和长果大头茶（Ｐｏｌｙｓｐｏｒａｌｏｎｇｉｃａｒｐａ）为外类用在线网站ＣＩＰＲＥＳ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｈｙｌｏ．ｏｒｇ／）的ＲＡｘＭＬ－ＨＰＣ２ｏｎＸＳＥＤＥ构建系统发育树，用Ｂｏｏｔｓｔｒａｐｍｅｔｈｏｄ进行自展值检验，设置１０００次重复。
２ 结果与分析漆雾净化器
２．１ 抱茎金花茶叶绿体基因组基本特征
抱茎金花茶叶绿体基因组为共价闭合的双链环状分子，全长１５６５９１ｂｐ，ＬＳＣ为８６１７２ｂｐ、ＳＳＣ为１８２７５ｂｐ、ＩＲ为２６０７２ｂｐ（图１）。抱茎金花茶叶绿体基因组中共预测注释到１３４个基因（表１），包括８８个蛋白编码基因，３８个ｔＲＮＡ基因和８个ｒＲＮＡ基因。８８个蛋白编码基因中包含２９个与自我复制有关的基因，４５个与光合作用有关的基因，６个其他编码蛋白质的基因和８个功能未知的基因。１３４个基因中有９５个基因是独特的，其余３９个基因位于反向重复区，位于反向重复区的基因包含１７个蛋白编码基因（１个ｒｐｓ１９、１个ｙｃ
ｆ１，１个ｙｃｆ６８，２个ｒｐｌ２、２个ｒｐｌ２３、２个ｙｃｆ２、２个ｙｃｆ１５、２个ｎｄｈＢ、２
个ｒｐｓ７、２个ｒｐｓ１２），１４个ｔＲＮＡ基因（２个ｔｒｎＩ－ＣＡＵ、２个ｔｒｎＬ－ＣＡＡ、２个ｔｒｎＶ－ＧＡＣ、２个ｔｒｎＬ－ＧＡＵ、２个ｔｒｎＡ－ＵＧＣ、２个ｔｒｎＲ－ＡＣＧ、２个ｔｒｎＮ－ＧＵＵ）和８个ｒＲＮＡ基因（２个ｒｒｎ１６、２个
ｒｒｎ２３、２个ｒｒｎ４．５、２个ｒｒｎ５）。抱茎金花茶叶绿体基因组中有１６个基因含有１个内含子，２个（ｃｌｐＰ、ｙｃｆ３）基因含有２个内含子。抱茎金花茶全叶绿体基因组ＧＣ含量为３７．３％，ＡＴ含量为６２．７％
。
２．２ ＩＲ边界的扩张与收缩
通过比较６种山茶属植物（山茶、毛瓣金花茶、贵州金花茶、离蕊金花茶、凹脉金花茶、抱茎金花茶）叶绿体基因组Ｉ
Ｒ区与ＬＳＣ和ＳＳＣ区的边界，发现山茶属植物的叶绿体基因组较为保守，但总体上金花茶植物与山茶的叶绿体基因组边界存在一定差异（图２）。
叶绿体基因组最长的为毛瓣金花茶，为１５６９９３ｂｐ；最短的为抱茎金花茶，为１５６５９１ｂｐ。其基因组长度的差异主要发生在Ｌ
ＳＣ区，相比于山茶，５种金花茶植物的ＩＲ区更长而ＳＳＣ区更短，表明金花茶植物在进化过程中叶绿体基因组ＩＲ区可能有一定扩张。６个山茶属植物的ｒｐｓ１９基因均跨越ＬＳＣ和ＩＲｂ边
表１ 抱茎金花茶叶绿体基因组注释基因
功能家族
基因
自我复制
核糖体小亚基ｒｐｓ２，ｒｐｓ３，ｒｐｓ４，ｒｐｓ７ａ，ｒｐｓ８，ｒｐｓ１１，ｒｐｓ１２ａｂ，ｒｐｓ１４，ｒｐｓ１５，ｒｐｓ１６ｂ，ｒｐｓ１８，ｒｐｓ１９
ｒＲＮＡｒｒｎ４．５ａ，ｒｒｎ５ａ，ｒｒｎ１６ａ，ｒｒｎ２３
ａ
核糖体大亚基
ｒｐｌ１２ａｂ，ｒｐｌ１４，ｒｐｌ１６ｂ，ｒｐｌ２０，ｒｐｌ２２，ｒｐｌ２３ａ，ｒｐｌ３２，ｒｐｌ３３，ｒｐｌ３６ＤＮＡ依赖性ＲＮＡ聚合酶ｒｐｏＡ，ｒｐｏＢ，ｒｐｏＣ１ｂ，ｒｐｏＣ２
ｔＲＮＡ
ｔｒｎＡ－ＵＧＣａｂ，ｔｒｎＣ－ＧＣＡ，ｔｒｎＤ－ＧＵＣ，ｔｒｎＥ－ＵＵＣ，ｔｒｎＦ－ＧＡＡ，ｔｒｎｆＭ－ＣＡＵ，ｔｒｎＧ－ＧＣＣ，
ｔｒｎＧ－ＵＣＣｂ，ｔｒｎＨ－ＧＵＧ，ｔｒｎＩ－ＣＡＵａ，ｔｒｎＩ－ＧＡＵａｂ，ｔｒｎＫ－ＵＵＵｂ，ｔｒｎＬ－ＣＡＡａ
，ｔｒｎＬ－
ＵＡＡｂ，ｔｒｎＬ－ＵＡＧ，ｔｒｎＭ－ＣＡＵ，ｔｒｎＮ－ＧＵＵａ，ｔｒｎＰ－ＧＧＧ，ｔｒｎＰ－ＵＧＧ，ｔｒｎＱ－ＵＵＧ，ｔｒｎＲ－ＡＣＧａ，ｔｒｎＲ－ＵＣＵ，ｔｒｎＳ－ＧＣＵ，ｔｒｎＳ－ＧＧＡ，ｔｒｎＳ－ＵＧＡ，ｔｒｎＴ－ＧＧＵ，ｔｒｎＴ－ＵＧＵ，ｔｒｎＶ－ＧＡＣａ，ｔｒｎＶ－ＵＡＣｂ，ｔｒｎＷ－ＣＣＡ，ｔｒｎＹ－ＧＵＡ
光合作用ＡＴＰ合酶亚基ａｔｐＡ，ａｔｐＢ，ａｔｐＥ，ａｔｐＦｂ
，ａｔｐＨ，ａｔｐＩＮＡＤＨ－脱氢酶的亚基ｎｄｈＡｂ，ｎｄｈＢａｂ，ｎｄｈＣ，ｎｄｈＤ，ｎｄｈＥ，ｎｄｈＦ，ｎｄｈＧ，ｎｄｈＨ，ｎｄｈＩ，ｎｄｈＪ，ｎｄｈＫ细胞素ｂ／ｆ复合物的亚基ｐｅｔＡ，ｐｅｔＢｂ，ｐｅｔＤｂ，ｐｅｔＧ，ｐｅｔＬ，ｐｅｔＮ
光系统Ⅰ的亚基ｐｓａＡ，ｐｓａＢ，ｐｓａＣ，ｐｓａＩ，ｐｓａＪ
光系统Ⅱ的亚基
ｐｓｂＡ，ｐｓｂＢ，ｐｓｂＣ，ｐｓｂＤ，ｐｓｂＥ，ｐｓｂＦ，ｐｓｂＨ，ｐｓｂＩ，ｐｓｂＪ，ｐｓｂＫ，ｐｓｂＬ，ｐｓｂＭ，ｐｓｂＮ，ｐｓｂＴ，ｐｓｂＺ二磷酸核酮糖氧合酶／羧化酶亚基
ｒｂｃＬ其他乙酰－ＣｏＡ－羧化酶的亚基ａｃｃＤ包膜蛋白基因ｃｅｍＡｃ型细胞素合成基因ｃｃｓＡ
蛋白酶基因ｃｌｐＰ
ｃ成熟酶基因ｍａｔＫ转录起始因子ｉｎｆＡ
假定叶绿体阅读框
ｙｃｆ１，ｙｃｆ２ａ，ｙｃｆ３ｃ，ｙｃｆ４，ｙｃｆ１５ａ，ｙｃｆ６８
注：ａ表示ＩＲ中有２个基因拷贝；ｂ表示包含１个内含子的基因；ｃ表示包含２
个内含子的基因。
界；毛瓣金花茶和贵州金花茶的ｎｄｈＦ基因跨越ＩＲｂ和ＳＳＣ，而其他４种植物的ｎｄｈＦ基因完全位于ＳＳＣ；ｙｃｆ１基因均跨越ＳＳＣ和ＩＲａ；ｔｒｎＨ基因均位于位于ＬＳＣ。
２．３ 重复序列和ＳＳＲ分析
重复序列分析结果如图３所示，抱茎金花茶叶绿体基因组含３６条重复序列，其中有２１条回文重复（Ｐ）和１５条正向重复（Ｆ），重复序列长度范围为
３０～６４ｂｐ。在抱茎金花茶叶绿体全基因组中检测到６７个ＳＳＲｓ位点，包含６种碱基重复类型，其中单碱基重复４
８个、二碱基重复４个、三碱基重复１个、四碱基重复１１个、六碱基重复２个，混合型ＳＳＲ１个。６７个ＳＳＲ中有４０个位于基因间区，１０个位于内含子，
１７
挂面纸个位于外显子。２．４ 金花茶植物叶绿体基因组比较
以毛瓣金花茶（Ｃａｍｅｌｌｉａｐｕｂｉｐｅｔａｌａ）叶绿体基因组序列为参考，对９种金花茶植物的叶绿体基因组序列进行了可视化比对分析（图４）。金花茶植物叶绿体基因组序列高度相似，表明其进化十分保守。但金花茶植物叶绿体基因组序列依然存在一些差异位点，且差异性表现为非编码区＞编码区、ＬＳＣ＞ＳＳＣ＞ＩＲ。编码区存在较高差异的序列为ｒｐｓ１６和ｙｃｆ３基因，非编码区存在较高差异的序列为ｙｃｆ４－ｃｅｍＡ、ｙｃｆ１５－ｔｒｎＬ－ＣＡＡ和ｒｒｎ５－ｔｒｎＲ－ＡＣＧ，这些高变异序列经后续深入研究有望成为金花茶植物可靠的分子标记。随后选取毛瓣金花茶和抱茎金花茶的ｙ
ｃｆ１５－ｔｒｎＬ－ＣＡＡ序列进行比对（图５），这段序列长度为３７０ｂｐ，在２１５ｂｐ和３０６～３０９ｂｐ的位置存在差异，可以有效区别毛瓣金花茶和抱茎金花茶，碱基差异可能是由于不同的生存环境造成。２．５ 系统进化分析
飞行棋棋盘为了解析金花茶植物的系统发育关系，以大头茶和长果大头茶为外类，利用１９个金花茶物种的全叶绿体基因组构建系统发育树。结果（图６）表明，金花茶（ＮＣ０２４６６１）、小果金花茶、龙州金花茶、金花茶（ＮＣ０３９６４５）、显脉金花茶组成的分支和抱茎金花茶的分支互为姊妹分支，具有较近的亲缘关系，且自展支持率为６８％。小黄花茶在金花茶组植物中形成一个基部分支，
然后是抱茎金花茶。根据聚类结果，可以将所选金花茶植物归为６个大类。第１类为小黄花茶；第２类为抱茎金花茶、显脉金花茶这一分支；第３类为簇蕊金花茶；第４类为薄叶金花茶、小花进化茶、富宁金花茶、离蕊金花茶；第５类
为凹脉金花茶、东兴金花茶；第６类为顶生金花茶、毛瓣金花茶、贵州金花茶、崇左金花茶、四季金花茶。每一类的金花茶植物彼此间有较近的亲缘关系。３ 讨论与结论
本研究采用双末端测序策略对抱茎金花茶进行了基因组重测序，组装并注释了抱茎金花茶的全叶绿体基因组，这为金花茶植物的物种鉴定和亲缘关系等研究提供了数据支持。抱茎金花茶全叶绿体基因组大小、结构、基因组成和顺序、ＣＧ含量等均与山茶属其他已报道的植物（山茶、浙江红花油茶、凹脉金花茶等）相似。分析发现，抱茎金花茶叶绿体基因组ｎ
ｄｈＤ具有非标准起始密码子ＡＣＧ。一些山茶属植物ａｔｐＢ和ａｔｐＥ有３ｂｐ的重叠区域，
ｐｓｂＣ和ｐｓｂＤ有５２ｂｐ的重叠区域［１０］
，而在抱茎金花
亨润成型机炮筒图茶中ａ
ｔｐＢ和ａｔｐＥ的重叠区域为４ｂｐ，ｐｓｂＣ和ｐｓｂＤ的重叠区域为５２ｂｐ。此外，在抱茎金花茶中ｔｒｎＰ－
ＧＧＧ和ｔｒｎＰ－ＵＧＧ重叠，这与油茶结论［１４］一致。值
得注意的是，大多数山茶属植物叶绿体全基因组ＧＣ含量均为３７．３％，基因组的ＧＣ含量是判断物种间
亲缘关系的重要指标［
１５］
；在被子植物的很多类中ｉｎｆＡ和ｒｐｓ１６常从叶绿体基因组中丢失［１６］电解抛光
，而在山
茶属叶绿体基因组中这些基因依然保留；相比于禾
本科（１３２ｂｐ）和豆科（２８７ｂｐ）［１０］，抱茎金花茶的重
复序列长度较短（３０～６４ｂｐ）且数量相对较少，种种迹象均表明，山茶属植物叶绿体基因组的
进化可能是缓慢而保守的。
简单重复序列（ＳＳＲ）是指分布在整个基因组中
１～６ｂｐ的重复序列，是一种高效分子标记［７，１７］。在
