xy.bioon/live/webinar_play_new/454.html真实世界”——院内NGS检测数据对比研究
NGS比对工具 blog.sina/u/5927786455
划重点
1. 没有精准检测就没有精准医疗，目前临床基因检测实验室尚没有统一标准，部分仍沿用科研标准进行临床检测，亟需规范化，特别是技术细节、质量控制、质量评价的具体内容； 2. 实验室首先应遵守临床相关国内文件规范要求，实行分区，遵守生物安全要求；样本采集、运输与存储应根据不同样本类型进行操作，见文中表格归纳； 3. 质量控制包括核酸质控、文库质控、测序数据质控，特别是文库构建需评估试剂有效性，测序需评估不同试剂批次和固定时间间隔下的仪器损耗的稳定性；
4. 样本追踪包括性别一致性鉴定和SNP一致性鉴定；至少添加一个阳性质控、一个阴性质控或空白对照与常规样本同时检测进行质量评价。
重临床NGS全流程共识的由来
△ 图：基因检测联盟（筹）历届会议合影（来源/基因慧）
二代测序（NGS）已广泛应用于遗传病的临床检测。同时 遗传病基因检测流程长、环节多、技术含量高，基因检测行业亟需在检测全流程规范化方面建立共识。
为推进基因检测行业的健康有序发展，配合相关部门和临床遗传专家组制订规范并落地实施，基因检测联盟（筹）组织临床专家、遗传学家以及第三方基因检测机构开展研讨会和指定行业共识。
2017年10月在深圳召开首届临床基因检测标准和规范研讨会，会后参会专业人士共同编写《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》，于2018年2月发表在《中华医学遗传学杂志》（点击详情 ）。2019年5月在上海召开第二届基因检测联盟会议， 会后形成《遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨》（简称“临床NGS全流程共识”）发表
在近期的 《中华医学遗传学杂志》 （点击详情 ）。静电接地控制器
临床NGS全流程共识涵盖技术要点和质量控制等，分为四个部分： 1）遗传检测前流程 ；2）样品采集处理及检测；3）数据分析流程；4）检测报告解读和遗传咨询。
本文为共识的第二部分《样品采集处理及检测》的核心内容。 作者介绍见下图。
△图： 共识第二部分作者及作者单位
（来源/《中华医学遗传学杂志》，制表/基因慧）
共识《样品采集处理及检测》内容
1. 共识《样品采集处理及检测》的背景
近年来，国内外二代测序市场竞争的参与者不断出现，不少公司均开展了基于二代测序的临床检测服务，如筛查染体非整倍体的无创产前检测（non-invasive prenatal testing，NIPT）、肿瘤的个体化等。相关行业规范和法规的出台，直接促进了NIPT检测市场的有序发展和繁荣。
遗传病的产前诊断及筛查、单基因和多基因遗传病的检测和咨询等也在成为一个重要的应用方向，因此也亟需一套覆盖实验室检测标准和管理规范的行业规范共识，指导将二代测序技术用于遗传病的临床诊断或筛查实验室，以提供稳定、可靠、有效的检测数据，用于临床辅助诊断或筛查工作。
本共识旨在为从事遗传病二代测序检测的实验室建立从样本采集到产生二代测序数据的全流程规范化管理提供指导。
2. 共识内容：遗传病二代测序临床检测流程
1）应遵守的文件要求：法律法规查询系统
□ 总体设置与运行标准应符合：《临床机构实验室管理规范》（卫委发[2006]73号）。
塑料破碎机刀片□ 设计标准、工作基本原则以及注意事项应符合《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》（卫办医政发[2010]10号）及其附件《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》的要求。
2）实验室分区原则
原则上，临床二代测序实验室应设置以下区域：样本接收与存储区、试剂存储与准备区域、样本制备区、文库制备区、扩增及测序区。这5个区域在空间上必须完全相互独立，拥有严格的工作区空气及人员流向，以有效防止样本核酸提取及建库扩增等过程所发生的污染。
3）生物安全基本要求
临床样本处理及制备区应符合生物安全二级实验室对于防护设备、个人防护和操作规范的要求。即使是普通的病理组织或血液样本，也可能存在病原体（如HIV、HBV、HCV等），存在导致操作人员被感染的风险。
4）二代测序实验室流程
二代测序检测的实验技术步骤包括患者样本的采集与运输、样本接收与存储，核酸提取，添加个性化分子标签，文库构建（包括核酸样本均一化、片段化、外显子组或特定区域靶向富集、接头连接、扩增、文库均一化）和上机测序，如图1示例。
2.1 临床样本采集与转运
1）样本采集注意事项
对不同的样本应采取不同的要求和标准来采集包含基因组DNA的生物样本，包括但不限于全血、唾液、干血片、组织和已提取的DNA等。
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在样本采集前，应向受检者或其监护人介绍检测知情同意书的条款，指导其签署知情同意书。之后帮助或指导受检者或其监护人填写检测申请单，核对申请单与受检者的基本信息是否一致，检查受检者是否按照医嘱准备，并向其解释操作的目的以取得配合。
采集样本时，则需确认采血管上的受检者信息清楚，且与检测申请单上的信息一致。并标明受检者姓名、年龄、检测项目等信息。
2）样本的采集、运输与存储参考
△图： 样本的采集、运输与存储参考
（来源/《中华医学遗传学杂志》，制表/基因慧）
2.2 样本接收与保存
检测实验室的样本接收人员负责检查样本量、样本类型是否符合检测要求，并核查随样本寄送的检测申请单信息是否完整，并核对其与电子版本的一致性。建议一对一生成检测实验室内部编号，用于后续的实验流转，以保护受检者的隐私信息。
用于基因检测的样本应由医院长期保存（建议至少保存2年）。
2.3 实验室NGS检测流程中的质量控制
1）DNA提取、质控、保存与内部转运
对于常规的二代测序检测，核酸抽提环节的质量控制需要考虑：DNA的A260/ A280
值应在1.6~2.2之间，琼脂糖凝胶电泳结果DNA主带明显，无明显降解，无明显的蛋白质、多糖和RNA污染，这些是DNA定性分析结论最基本的要求。
