MOE 2013.08 新特性
加拿大化学计算集团(CCG)公司新发布MOE(Molecular Operating Environment)软件2013.08版本，此文档概述了一系列新特性、改进以及变化。分为三个部分——应用、康昱盛定制版本改进以及核心系统来详细介绍过去一年中CCG 以及康昱盛对于软件所做的功能改进。 现在Linux 、Windows 和Mac OSX 默认MOE 版本均已升级到64位。由于近些年Biologics 研发进展非常迅速，因此在新版本中，你会发现一系列新的Biologics 设计应用。同样在药物化学领域，你也可以看到相当数目的改进，包括：构象搜索、建模、药效团、对接等——这些功能可以帮助药化学家加速他们的新药发现进程。
应用
新! Loop Modeler and Browser
用于蛋白loop 模建、浏览和嫁接的新功能。它使用基于知识的方法或从头建模方法来进行loop 建模，可以用于融合蛋白linker 设计或单链抗体设计。 Protein Design
Protein Design 应用功能目前有了如下改进: ● 平面系统 (如TRP, TYR, PHE) 作为刚体处理; ● 可以针对某条特定的链进行蛋白属性计算; ●
使用loop modeler 数据库.chdtv
Protein Alignment and Superposition
Protein Align 目前使用 STOVCA 打分方法[Slater 2013] 来改进多序列匹配及结构叠合. 引入新的模板指认方法来改进序列比对. Protein Superpose 新增选项来进行仅基于结构的两两比对和叠合. Domain Motif Search Domain Motif Search 中的二级结构定义目前基于 C-alpha 几何，取代原先的 DSSP. Pharmacophore Query Editor
● 新! EHT scheme . EHT scheme 提供受体-配体相互作用强度信息.
●
新! R-Strength . 使用R-Strength 选项可以在药效团模型以及随后的搜索过程中包含受体强度信息. ● 新! Undo/Redo . Undo/redo 键可以在药效团建模中使用了.
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新! Render popup. 新的渲染控制，方便选择渲染类型、透明度和材料性质.
Pharmacophore Consensus Pharmacophore Consensus 应用目前可以按列排序. 只对相似药效特征的原子进行聚类.
Pharmacophore Search 加入了使用 EHT scheme 评估受体和配体作用强度的功能.
放血笔
新! Mogul Analysis
多媒体互动教学系统这项新功能可以交互浏览、修改并监控部分或整体结构. 它调用CDC’s Mogul 程序，基于Cambridge Structural Database 获取键长、键角以及二面角的最适分布.
Dihedral Profile
通过调用Mogul, Dihedral Profile 目前可以注释选中键的最适二面角分布.
粉体气力输送系统
Diverse Combinatorial Library
Selection
QuaSAR-CombiDesign 应用 diverse library generation 被 Diverse Selection 替代. MOEvie MOEvie maker 功能增强: x264 codec; 可定义帧渲染大小; 增强所有视频格式的渲染质量. Sketcher The 2D sketcher 界面已经更新.
Gaussian MOE 目前支持Gaussian B.01 和Gaussian C.01. SiteView
现在可以从MOE | Settings | LigX 中定义活性位点残基范围的距离阈值..
Conformational Search
LowModeMD 构象搜索目前支持刚体计算. 通过这套程序, 可以定义分子的刚性区域，然后这部分就会按照刚性部件方式来移动.
Solvent Analysis
● 计算全蛋白或蛋白-蛋白界面的水密度. ●
新！Solvent Analysis 增加了水分子放置功能，可以依据RSIM 计算的密度来精确预测水分子位置，或者验证结晶结构中的水分子位置.
Dock
目前Dock 面板新增了Descriptor Filter 文本框，允许对输入配体进行筛选. 可以选择输入数据库中具体哪一列分子作为配体. 可以输入包含受体结构的数据库，以便进行柔性对接.
Energy Minimize 目前此应用新增选项可在整体结构优化前预先对羟基氢原子位置进行优化.
新! chEMBL Library
从ChEMBL14版类药小分子数据库出发，使用MOE
SD Pipeline Command Tools 生成片段构象数据库, chemblr14_frag.mdb, 包含大约830,000 片段, 适用于Scaffold Replacement或者组合化学应用.
康昱盛定制版改进功能
新! Saturation Ring Conformational Search
搜索给定结构中的饱和环构象(MOE | Compute |
Conformations | Ring Conformational Search ). 标准的构象搜索方法例如随机构象搜索，无法很好解决这类问题. 多个饱和环和杂环也可以用此程序处理.
新! Fukui Indices
调用 GAMESS 来计算fukui indices (f+ and f-) 以便评估小分子中每个原子的反应活性. 原子根据fukui indices 来着. 有机化学家可以使用此工具来确定化学反应中 regioselectivity 起因.
MedChem Application
在右侧菜单栏（RHS ）提供一系列按钮方便药化学家进行交互式的基于结构的药物设计. ● Pocket Preparation : 自动集成工作流进行结合口袋准备;
● Ghost/Unghost : 惰化/激活选中原子;
●
Ligand Strain : 计算选中配体的应力能，显示无环境条件下最小能量结构以便比较; ●
新! Ligand Score : 调用Dock 优化修饰后结构并计算GBVI/WSA 结合自由能. 同时给出考虑应力能修正的结合自由能打分. ●
新! Ring Conf Explorer : 对配体中选中饱和环进行构象采样. 这些构象可以嫁接到原先分子骨架上并进行能量优化和打分. 可以通过此程序寻最适合环构象. ●
Ligand Nearby : 显示选中配体原子及特定距离范围内受体原子，以及它们之间的距离.
Antibody Engineering
集成一系列功能方便抗体建模及人源化抗体设计 (SE | Antibody Engineering ). ● Annotate Antibody : 用三种方法: Kabat, Chothia,CCG 注释抗体序列;
● Build Antibody Model : 调用Antibody Modeler module 抗体的三维原子结构;
●
Identify Canonical Residues : 通过分析溶剂可及表面积、相互作用以及结合界面确定抗体中经典保守残基. ● Identify Potential N-glycosylation Site ：通过序列样式规则确定 N-glycosylation 位点. ●
Search Fab Sequence Database : 搜索Human Germline V Gene 数据库寻人源化模板. 数据库已更新至最新版IMGT human V gene
database ( 2013.08).
●Pairwised Alignment of Fab Sequence: 通过特
定比对算法和打分函数进行抗体序列比对.
●Generate Humanized Sequence：在序列比对
基础上生成人源化序列.用轿车当棺材下葬
小型家用抽水泵
